現在基于鏡像的OS部署、補丁和個性化設置，通過眾所周知的Windows本地配置文件可以輕松實現，而且也非常穩定。另一方面桌面虛擬化卻增加了提供Windows桌面和應用的復雜性。
幸運的是，虛擬化領域出現的一些諸如虛擬GPU(graphics processing units)和工作區域管理等新技術，可以幫助IT人員克服部分挑戰。
桌面虛擬化復雜性
切換到非永久性桌面模式在降低整體擁有成本的同時也增加了虛擬桌面的復雜性。桌面虛擬化要達到預期的效果需要很多技術層的協同配合。另外，試圖通過應用虛擬化方式簡化應用提供的辦法也會有自身的一些問題，包括性能降低以及虛擬化應用和非虛擬化應用之間的溝通和沖突等問題。
由于虛擬桌面不能滿足用戶個性化需求，也會導致拒絕切換到非永久性桌面模式，因為這改變了他們在物理桌面環境中的工作方式。通過附屬產品來合理安置個性化文件數據也提升了復雜性和虛擬桌面的成本。
例如，桌面虛擬化可以包含如下的技術堆棧：存儲、計算機、hypervisor、虛擬桌面OS、虛擬桌面應用、虛擬桌面個性化、broker、遠程協議、終端設備OS、外圍設備、終端應用和終端用戶個性化數據。所有的這些組件需要一起平滑地協作，而很可能每個技術層都是由不同的IT人員負責，這進一步增加了復雜性。
桌面虛擬化成本
現在多數桌面虛擬化的安裝都把計算資源從終端設備遷移到了數據中心。企業選擇用位于嚴格控制供電和溫度的數據中心內的高性能服務器來代替低成本的PC方案。
在很多部署中，企業同樣采用了共享存儲，而這個組件本身的成本非常高。通常，40%的桌面虛擬化系統成本花在存儲上。很多企業期望桌面虛擬化的整體投入成本可以跟傳統PC的部署相當。
供應商在桌面虛擬化可以節省運營成本方面做出很多承諾。這些成本對比通常是基于非永久性桌面提供模式的，而這是實施難度最高的方法。用有經驗和工作年限長的虛擬桌面管理員替換低工資的桌面支持人員，也會在一定程度上抵消部分運營成本的節約。
桌面虛擬化的用戶體驗
另外，IT部門很難對用戶體驗做出預測和衡量。把桌面或應用從終端設備遷移到數據中心可能會影響用戶體驗。較差的LAN或WAN條件也會傷害遠程桌面和應用的用戶體驗。以前完全運行于本地需要使用某些特定資源的應用，在集中到數據中心后可能響應會很差。而那些有離線訪問需求的應用也會增加虛擬桌面架構設計的復雜性。
