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高效制勝、擴展無限 戴爾高性能計算最佳實踐
2012-06-12   中國IT運維網

 戴爾在高性能計算領域一直處于世界領先地位,不論在生命科學、石油天然氣、可再生能源、航空、醫療、學術機構、金融、制造業還娛樂傳媒都能看到戴爾高性能計算的身影。就在不久前放映的3D影片《非常小特務4》中,戴爾PowerEdge服務器執行了大量的特效渲染任務,使這部妙趣橫生的故事科技、現代感十足。然而,建立一個基于高可靠性、開放架構、可擴展性的高性能計算系統才是戴爾產品的精髓。

高可靠性

F1是一個風險性極高并聚集了大量科技要素的體育賽事——生命與速度、科技與榮譽貫穿始終。車手的生命不僅系于他手中的方向盤,更與整個賽車團隊對車況、路況的分析與決策密不可分,正如凱特漢姆F1車隊(Caterham F1 Team)的首席技術官Mike Gascoyne所說:“在F1賽場上,沒有比對數據分析更關鍵的事情了,因為0.1秒的差距也能在贏與輸之間做出決定。”而IT系統每一個微小的誤差都可能造成車毀人亡,毀掉的不僅僅是一場比賽、一部賽車,而是寶貴的生命。

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凱特漢姆采用了戴爾產從服務器、存儲、筆記本電腦到移動終端一整套的品和解決方案。從著手準備2010年賽到一切IT環境就緒,在不足22周的時間里,戴爾為凱特漢姆構車隊建了一個高性能計算(HPC)集群、網絡架構、賽道用IT基礎系統、設計環境以及存儲系統。并且戴爾企業級計算環境一直伴隨著凱特漢姆征戰全球各地的F1賽場。

位于凱特漢姆倫敦總部的高性能計算環境主要應對于流體力學方面的計算,具體而言就是在高性能計算環境中精確地模擬風洞,從而改進對賽車的設計。車隊使用了Intel Cluster Ready HPC系統,配置有預先測試好的戴爾硬件及ISV應用程序,整套HPC系統采用了186個基于英特爾至強5570系列處理器的戴爾PowerEdge M610刀片服務器,并與戴爾PowerVault MD3200和MD1200存儲陣列相連。在供電和散熱方面,使用了APC的數據中心解決方案,為關鍵部件提供高能效的供電和散熱。

位于F1比賽現場的賽道IT環境則是車隊取得更好成績的重要保證。根據現場比賽條件對賽車和路線進行優化,在比賽過程中,車隊則完全依賴于賽道IT環境,它包括:四臺戴爾PowerEdge R710服務器與一套EqualLogic PS6000S SAN存儲陣列(一臺工作,一臺用于備份)相連,并配有固態硬盤和兩個高密度UPS。這套系統即便在高溫等惡劣條件下,也最終經受住了考驗。

高性能

娛樂的消費是迅速的,一部90分鐘的電影背后需要上百萬分鐘的辛勤制作。但人們對高品質的畫面追求的腳步從來沒有放慢過,從標清到高清、從3D到4D,人們永遠不認為他看到的是最炫的畫面,還在期待更炫的。快速提高制作效率是每一個制片人所追求的市場與社會效益。

北京師范大學對戴爾高性能計算產品大加贊賞,將在6月20日北京悠唐假日酒店舉辦的戴爾高性能計算行業應用實踐交流會上會分享他們的應用體驗。但早在2009年,中國傳媒大學高性能計算中心就與戴爾公司合作,還為北京信息職業技術學院打造了一個高性能的動漫渲染平臺。該平臺包括112片戴爾PowerEdge M610刀片服務器,2臺戴爾PowerEdge R710機架式服務器作為管理節點,7臺戴爾PowerEdge R710機架式服務器作為I/O節點以及1套光纖SAN存儲陣列。其中中國傳媒大學高性能計算中心負責提供完整的應用和管理軟件以及整個項目的實施和技術服務。該平臺建成后,項目負責人胡永先生不無感慨的介紹說:“以往我們渲染一個高清標準的1000幀動畫,往往需要幾周的時間,而且還得夜以繼日。現在我們只需要1個多小時就可以完成相同的渲染任務,這對于我們來說是一個質的“飛躍”。戴爾提供的高性能服務器在該平臺近三年的滿負荷運轉中體現出了優異的質量品質,在經歷了多次突發性的停電、UPS故障等問題后依然能夠正常的啟動和使用。用戶高度認可戴爾產品的可靠性和穩定性,對戴爾產品的環保和節能也是大加贊揚。

可擴展性

可擴展性成為企業爭取最優擁有成本的最佳實踐。可擴展性包括單機擴展性、存儲擴展性、網絡擴展性以及新老產品的平滑銜接。

單機擴展性要求要有較強的CPU、GPU以及內存的擴展。例如,在GPU計算方面戴爾提供了靈活的擴展方式:一種是直接把GPU安裝在機箱里,另一種是通過PCI卡來與GPU互連,第三種是提供專門的GPU服務器。而GPU在并行計算的優勢越來越不可忽略,在20日北京舉辦的戴爾高性能計算行業應用實踐交流會上Nvidia將向您詳細講解GPU在高性能計算的應用趨勢。

網絡擴展方面,與本地的機器相比,其使用的萬兆以太網延遲太大,采用Dell Force10萬兆網的延遲,僅有700ns,而基于萬兆以太網上的云平臺的延遲達到了40-50微秒,這對于那些對I/O延遲很敏感的應用來說體驗將是相當糟糕的事情。并且戴爾正在開始迅速向40G以太網這一新領域進軍。

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深圳華大基因研究院在基因的測序能力及基因組的分析能力上處于世界領先地位,曾先后完成國際人類基因組計劃“中國部分”(1%)、國際人類單體型圖計 劃(10%)、水稻基因組計劃等多項具有國際先進水平的科研工作。我們為華大基因打造的高性能計算集群成為了進行基因研究工作的重要平臺,可以幫助該院的研究人員進行基因測序、數據處理、對比分析和結果提取等多項關鍵工作。華大基因表示,在引進戴爾M605服務器以后,華大基因的計算能力提升了兩倍,有力地推動了各項研究項目的順利開展。

 

高性價比

在結構生物學領域清華大學走在了科技的最前沿。清華生命學院決定采用戴爾高性能計算群集方案(HPCC-High Performance Computing Cluster)為結構生物學研究提供一個更為高效的研究平臺,創造更為良好的研究環境。

2010年初,清華生命學院經過廣泛考察、慎重選型、反復測算最終決定引進1套大規模的44計算節點的戴爾HPCC系統,該系統由“計算節點”、“管理節點I/O節點”、“存儲后臺”“計算與管理網絡”4個主要部分構成:其中HPCC系統的計算節點由11臺戴爾PowerEdgeTM C6100機架式服務器擔任,每臺C6100機箱內配置有4臺刀片服務器,每臺刀片配置了兩顆2.4GHz英特爾R至強R5645 六核處理器、24GB內存(6x4GB)、1塊3.5英寸7.2K RPM SATAII硬盤,2塊Broadcom 10/100/1000Mbps 自適應以太網卡(支持TOE offload 引擎技術)

“戴爾C6100服務器+Infiniband網絡”為核心的HPCC系統于2010年3月完成組裝和調試,目前已運行了1年多的時間,整體運行狀況非常平穩。清華大學生命學院崔野老師是這套HPCC系統的主要管理者,他對系統的表現給予了充分的肯定。崔野老師介紹說:“目前,生命學院結構生物研究的主要計算任務均由這套HPCC系統來完成。該系統的上線,有效地保障了我們在大分子研究方面的計算效率,與傳統的機架式服務器組成的HPCC相比,采用戴爾C6100服務器我們可以節省50%的空間,節省30%以上的電力消耗,這可以讓我們的運營成本得到有效的控制。”

崔野老師接著介紹說:“從實際效果看,戴爾HPCC運行穩定,數據處理速度很快,完全能夠滿足我們開展大規模科學計算的要求。我們當前工作的重點是利用HPCC系統進行大分子蛋白質結構的研究計算,這種研究時效性強,緊迫性高,任務繁重,要求HPCC系統必須具有超強的計算能力,而戴爾HPCC的浮點運算速度峰值可以達到每秒五萬億次(5TFLOPS),我們對這樣的計算能力感到十分滿意。此外從發展的角度來看,戴爾HPCC系統的高效性為日后結構生物學研究工作的深入打下了非常扎實的基礎。”

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