任何計算機安全措施的一個重要方面是維持實際控制服務的運行，讓不必要的網絡服務接受請求將提高系統的安全風險。即使這些網絡服務對于服務器的某些功能是必要的也需要仔細管理，并且對其進行配置最小化不受歡迎的入侵和登錄的可能性。
為Linux系統配置安全性時，使用/etc/inittab文件、runlevels和一兩個服務管理“superdaemons”如inetd或xinetd直接管理服務。
inittab
/etc/inittab文件用于系統的初始化過程啟動系統服務。在一個配置好的系統上，雖然它一般都不會包括很多服務，但是在某些Linux系統的默認安裝中會加載很多其他服務。/etc/inittab文件內容有些模糊，它的重要之處在于讓服務管理變得相對簡單。
首先，可不要通過/etc/inittab文件方式向系統啟動項中添加服務。
第二，不要移除/etc/inittab文件中第一個冒號之前其第一個字段是單精度型的數字，或整個登錄服務的前面部分。以單精度數字開頭的行可以打開TTY控制臺，所有服務在它們打開之前都一一列出，甚至列出其更重要的功能。也許有些例外情況，在不改動它時是很安全的，尤其如果不確定的情況下請不要改動。
第三，/etc/inittab在導入和runlevel選擇的時候用于過程管理。一般不用于正常的系統操作。
第四，在導入時由rc系統開始添加步驟，而不是init系統。如果看看/etc/inittab的內容，將會注意到登錄以rc0到rc6這樣的字符結束。這是初始化系統如何處理runlevels的說明。
runlevels
基于Linux操作系統的運轉可以通過runlevels進行管理。不同的runlevels被定義成有不同的行為，就像Windows操作系統一樣，它有正常操作模式、安全模式、在某些情況下還有DOS模式。
Runlevel0用于關閉系統，如果軟電源設置恰當，它能關閉系統電源。
Runlevel1是單用戶無網絡的模式，它用于低水平的故障修復和管理操作。
Runlevel2到Runlevel5正常系統操作的多用戶模式。Runlevel2和3是命令行模式，3有網絡連接而2沒有網絡連接。Runlevel5用于啟動XWindows提供圖形用戶接口。
Runlevel6用于系統重啟，當整個init系統甚至bootloader需要重啟時采用它。其他runlevels由系統管理員進行定義，但是“傳統”UNIX系統沒有此功能。這種情況下，他們不能被定義也不能被使用。
在shell處，可以輸入runlevel命令找到以前的renlevel和當前runlevel。如果沒有更改系統runlevel，命令的輸出結果為大寫N后面跟runlevel的數字，這里的N表示沒有前runlevel，如果要更改runlevel，可以使用init命令，后面跟想要使用到的runlevel的數字。例如，輸入init6表示重啟系統，或init1進入單用戶模式。
配置runlevel的過程每一版本的情況都不同。例如，在DebianGNU/Linux系統中，位于/etc/init.d的服務腳本有來自/etc/rcN.d的路徑與它們進行鏈接，這里的N表示需要配置的runlevel數字。以字母K開頭的symlinks指示在進入runlevel時被殺死的程序，而以字母S開頭的symlinks指示在進入runlevel時被啟動的程序。字母后面的數字值越大，從1到99，表示啟動或殺死的時間愈靠后。
大多數基于RPM的版本都采用RedHat所用到的rc系統。比起基于Debian的系統，這一系統使用更復雜的路徑結構，并且不同的基于RPM的系統之間也有很大的不同。說明書上提供了更多的關于管理runlevel的信息。
inetd
一個用于Linux后臺程序管理的“superdaemon”是眾所周知的inetd，它是個用于服務管理的命令行工具。終止服務很簡單：首先，作為根用戶用文本編輯器打開/etc/inetd.conf文件。接下來，找到文件中需要終止的服務。最后，在服務所在行的最前面添加#符號（其他還有“尖頂符”和“英鎊符”），如下所示。“注釋掉”這一行，因此inted以后都不會啟動這一服務。
編輯之前服務登錄可能是下面這樣：

identstreamtcpwaitidentd/usr/sbin/identdidentd

#identstreamtcpwaitidentd/usr/sbin/identdidentd

kill-HUP`pidofinetd`

servicetelnet{...disable=yes}

kill-USR2`pidofxinetd`