應用指紋進行身份認證已經有很長歷史了。據考古學家證實：公元前7000年到6000年以前，指紋作為身份鑒別的工具已經在中國和古敘利亞開始應用，一些粘土陶器上留有陶藝匠人的指紋，一些文件上印有起草者的大拇指指紋，在古城市的房屋留有磚匠的指紋等。由此可見，指紋的一些特征在當時已經被人們認識和接受。
19世紀初，科學研究發現了至今仍然承認的指紋的兩個重要特征，一是兩個不同手指的指紋紋脊的式樣不同，另外一個是指紋紋脊的式樣終生不變。也就是這個關于指紋唯一性和不變性的研究成果使得指紋在犯罪事件的鑒別中得以正式應用，1896年阿根遷首次應用，然后是1901年的蘇格蘭，20世紀初其他國家也相繼應用到犯罪事情的鑒別中。
不過，這之前的指紋識別都采用手工的方法，即將指紋卡片存放在指紋庫中，需要時在指紋庫中人工查找、由指紋專家對比指紋卡。這種方法一方面效率低下，另一方面投入的人力資源太大。
到了20世紀60年代，由于計算機可以有效地處理圖形，人們開始著手研究利用計算機來處理指紋。特別是20世紀80年代，個人電腦、光學掃描這兩項技術的革新，使得它們作為指紋取像的工具成為現實，從而使指紋識別可以在其他領域中得以應用。隨即，自動指紋識別系統（Automated Fingerprint Identification System，簡稱AFIS）在法律實施方面的研究和應用在世界許多國家展開。
