銀行卡持有人的安全意識是影響網上銀行安全性的不可忽視的重要因素。目前，我國銀行卡持有人安全意識普遍較弱：不注意密碼保密，或將密碼設為生日等易被猜測的數字。一旦卡號和密碼被他人竊取或猜出，用戶賬號就可能在網上被盜用，例如進行購物消費等，從而造成損失，而銀行技術手段對此卻無能為力。因此一些銀行規定：客戶必須持合法證件到銀行柜臺簽約才能使用“網上銀行”進行轉賬支付，以此保障客戶的資金安全。

另一種情況是，客戶在公用的計算機上使用網上銀行，可能會使數字證書等機密資料落入他人之手，從而直接使網上身份識別系統被攻破，網上賬戶被盜用。

安全性作為網絡銀行賴以生存和得以發展的核心及基礎，從一開始就受到各家銀行的極大重視，都采取了有效的技術和業務手段來確保網上銀行安全。但安全性和方便性又是互相矛盾的，越安全就意味著申請手續越煩瑣，使用操作越復雜，影響了方便性，使客戶使用起來感到困難。因此，必須在安全性和方便性上進行權衡。到目前為止，國內網上銀行交易額已達數千億元，銀行方還未出現過安全問題，只有個別客戶由于保密意識不強而造成資金損失。