由于磁盤文件格式FAT32與NTFS的不兼容性，在Windows 98操作系統中不借助第三方軟件根本找不到NTFS分區，用DOS(或Windows 98)啟動盤啟動系統后仍無法找到NTFS分區，也就不能用Format命令格式化NTFS分區的磁盤。
下面我以一臺在C盤裝有Windows 98操作系統和在D盤裝有Windows 2000 Server操作系統的電腦為例，來說明如何將D盤由NTFS磁盤格式轉換成FAT32磁盤格式。俗話說解鈴還需系鈴人，這里我使用的工具就是當初安裝Windows 2000 Server操作系統時的安裝光盤，不過此方法不會保留原分區中的數據喔！我的操作如下：

1、在系統啟動時，按Del鍵進入CMOS設置，選擇Advanced BIOS Features進入，在“First Boot Device”中選擇CD-ROM，從光盤引導。在光驅中放入Windows 2000 Server安裝光盤，保存退出，重啟。

2、當屏幕下方出現“Press any key to boot from cd”時馬上按回車，在屏幕下方出現“setup is loading files(…)”。這要花費一段時間。

3、當出現Windows 2000 Server安裝程序時，屏幕會有如下選項供你選擇：

◎ 要開始安裝Windows 2000，請按Enter
　　◎ 要修復Windows 2000中文版的安裝，請按R
　　◎ 要停止安裝Windows 2000并退出安裝程序，請按F3

選擇第一個選項，按Enter鍵回車。

4、這時會有一些協議要求你認可。我們應該無條件的接受，按F8鍵表示我同意。這時屏幕出現的選擇項為：

◎ 要修復所選的Windows 2000安裝，請按R
　　◎ 要繼續全新安裝Windows 2000，請按Esc

我們按Esc，選擇繼續全新安裝。

5、接下來我們要選擇安裝了Windows 2000 Server 的NTFS磁盤格式的分區，再在選擇項目上選擇“刪除所選磁盤分區，請按D”，按下D后，屏幕上還會跳出選擇菜單，我們要義無反顧地選擇“要刪除此磁盤分區，請按L”。完成后我就取出光盤，重新啟動。我到Windows 98桌面上找到剛才進行格式轉化的D磁盤，把它格式化就一切OK了。

但是在系統啟動時我們還可以看見雙系統的啟動菜單。為了恢復單系統啟動的本來面目，我們要到Windows 98下，在“我的電腦”→“C盤”下找到“Boot.ini”文件，刪除“multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)WINNT=Microsoft Windows 2000 Server/fastdetect”，并將timeout置為0即“timeout=0”。如果沒有“Default=c:”，那么還要在“[Operating Systems]”前面加上它。