在win95或win98系統中，注冊表的組成從物理上來講，實際上是由兩個分別名為user.dat及system.dat的具有隱藏只讀屬性的二進制系統文件。在system.dat文件中保存有計算機上現有安裝軟件的信息，已發現的硬件以及其配置信息。User.dat則了保存與用戶相關的信息，包括個性化設置（包含顏色，顯示屬性，鼠標，字體等等）訪問性設置、國家區域設置等。

　　而在最新的Win2000系統中情況則有所不同
(以下分割符內的內容，摘自《Windows2000注冊表的備份與恢復》一文 作者：不詳 )

　　同Windows 9X一樣，Windows 2000的注冊表也分為兩個部分，但包括多個文件，其中用戶配置文件保存在根目錄“Documents and Settings”下用戶名的目錄中，包括兩個隱藏文件：NTUSER.DAT、NTUSER.INI及ntuser.dat.LOG日志文件。系統配置文件位于Windows 2000系統目錄下的“SYSTEM32CONFIG”中，包括DEFAULT、SOFTWARE、SYSTEM、AppEvent.Evt、SecEvent.Evt、SysEvent.Evt等多個隱藏文件及其相應的.LOG（日志）文件和.SAV文件。這些注冊表文件在Windows 2000運行時無法使用其它工具打開，這一點與Windows 9X下的system.dat及user.dat不同。