VPN中的隧道是由隧道協議形成的，VPN使用的隧道協議主要有三種：點到點隧道協議（PPTP）、第二層隧道協議（L2TP）以及IPSec。
　　
　　　　PPTP封裝了PPP數據包中包含的用戶信息，支持隧道交換。隧道交換可以根據用戶權限，開啟并分配新的隧道，將PPP數據包在網絡中傳輸。另外，隧道交換還可以將用戶導向指定的企業內部服務器。PPTP便于企業在防火墻和內部服務器上實施訪問控制。位于企業防火墻的隧道終端器接受包含用戶信息的PPP數據包，然后對不同來源的數據包實施訪問控制。
　　
　　　　L2TP協議綜合了PPTP協議和L2F（Layer 2 Forwarding）協議的優點,并且支持多路隧道，這樣可以使用戶同時訪問Internet和企業網。
　　
　　　　IPSec是用來增強VPN安全性的標準協議。IPSec包含了用戶身份認證、查驗和數據完整性等內容。該協議標準由IETF組織制訂，其中規定了用以在兩個IP工作站之間進行加密、數字簽名等而使用的一系列IP級協議。IPSec實現來自不同廠商的設備在進行隧道開通和終止時的互操作。另外，由于IPSec的安全性功能與密鑰管理系統松散耦合，所以當密鑰管理系統發生變化時，IPsec的安全機制不需要進行修改。
　　
　　　　基于MPLS的VPN是一種基于網絡的新型VPN解決方案，它要求廣域網絡支持MPLS，利用MPLS的標記交換在廣域網絡上為VPN用戶提供虛擬連接。MPLS VPN的優點是全網統一管理的能力很強，由于MPLS VPN是基于網絡的，全部的VPN網絡配置和VPN策略配置都在網絡端完成，可以大大降低管理維護的開銷。
　　
　　　　ITU－T形成的基于網絡IP VPN草案中提出了關于基于MPLS的IP VPN技術要求，在業務提供商的網絡中采用IP技術，且骨干網用MPLS，對于IP VPN業務只能在邊緣設備上提供，而對于骨干設備，IP VPN業務是透明的，這樣才有利于可擴展性。