高效能運算的服務器在大多數的時間都呈現高負載，在這樣的前提下，刀片與機架式服務器在不同的層面上，各具有不同的優勢，如散熱、耗電量、擴充性與傳輸的問題。
首先在散熱與耗電量的部分，一臺刀片機箱便容納相當多數目的刀片模塊，如果以10臺刀片模塊為例，相較于10臺機架式服務器在耗電量與散熱上則更具優勢。
不過，若一個機柜大量部署刀片服務器時，這些問題反而更為嚴重，HP業務經理周錫榮表示，以一個42U的機柜為例，共可部署4臺HP c7000刀片機箱，最高可容納64個刀片模塊，若換成1U的機架式服務器，最高也只能容納42臺，若以一個機柜而言，刀片服務器的耗電與散熱量是相當可觀的。
另一方面，刀片服務器在擴充性上則呈現劣勢。刀片服務器之所以能容納更多的服務器，舍去部分零組件的擴充性來解決密度過高的問題，而這也是刀片服務器不及于機架式服務器的地方。
在采購的成本上，機架式服務器則更具優勢，如臺大采購1個刀片模塊就需要花費14萬元，若換成1臺1U的機架式服務器便只需要8萬元，在同樣的采購預算上，機架式服務器能提供更高的運算資源。
在傳輸速度上，機架式服務器也更具優勢，IBM業務經理楊維楷表示，刀片模塊都必須通過刀片背板的連結才可傳輸資料，而機架式服務器由于少了背板，在傳輸速度上提升許多，更適合使用在高效能運算。如今年8月國家高速網絡與計算中心（國網中心）正式上線的超級計算機IBM System Cluster 1350便是采用機架式服務器，不過，他們透過水冷式技術來解決散熱的問題。
南科的超級計算機共使用512臺IBM x86機架式服務器，規畫23個機柜，分三排，其中負責計算節點的服務器機柜都采用IBM Rear Door Heat eXchange散熱技術，國家高速網絡計算中心計算基礎設施服務計畫主持人朱賢良表示，IBM System Cluster 1350是該單位首次使用水冷式技術，透過水冷式系統來解決散熱的問題，更可增加系統穩定。
