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多學科研究高性能計算用AMD“芯”
2007-09-29   網絡

當前,我國高等教育學府的科研工作不斷深入,每年承擔的各類研究課題不斷增加。然而,多學科的研究對高性能計算需求提出了更高的要求,計算資源亟待豐富。高性能計算平臺的建設成為我國高等院?;A設施建設的重要組成部分。在這方面,華東理工大學走出了一條創新之路。

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  華東理工大學創建于1952年,是全國第一所以化工特色聞名的院校。經過半個多世紀的改革與建設,學校建有國家大學科技園,有53個研究所(中心)、8個國家級研究基地,12個省部級研究基地。近年來,每年承擔各類研究課題800多項。隨著華東理工科研工作的不斷深入,原有的計算平臺能力面臨著嚴峻的挑戰??蒲许椖糠秶耐卣梗沟酶鲗W科分別購置計算設備的資金成本和人才成本不斷增加,并且造成各學科之間的交流并不便利,無法豐富科研項目研究。

  為此,華東理工大學決定開展高性能公用計算平臺建設,以滿足材料設計、催化劑設計、藥物設計、計算生物學、流體與固體力學計算等領域的科學研究,促進相關學科科研的發展。

  受益高性能計算平臺

  在做出選擇之前,華東理工對國內其它高校計算平臺應用情況進行了調查研究,經過比較與衡量,從系統穩定性、性價比、可擴展性等方面考慮,最終選定了基于64位AMD皓龍處理器的曙光4000A服務器。

  華東理工大學以化工類專業聞名,在日常應用中必然涉及到大量化學計算,而高性能化學計算對處理器性能要求較高,32位處理器因其寄存器和指令集滿足運算需求的能力有限而顯得捉襟見肘。而在工作頻率相同的情況下,64位AMD處理器因為所需指令少、擁有更大的可尋址內存,當面臨大量的數據流時,處理速度具有明顯的優勢。而且,AMD皓龍處理器的架構具有明顯的優勢:集成內存控制器和超傳輸總線技術的采用解決了CPU訪問內存及I/O的瓶頸,使內存控制器與處理器核心以同樣的頻率工作,內存與處理器之間的數據傳輸不再需要經過北橋,有效地降低了傳輸延遲。

  特別值得注意的是,公共計算平臺需要滿足多個計算進程同時運行的要求,而AMD處理器采用集成內存控制器和超傳輸總線等技術,它可以在內存控制器、磁盤控制器以及PCI總線控制器之間提供更高的數據傳輸帶寬,能夠支持曙光服務器恰到好處地完成多任務的同步處理,將分散操作集中到同一平臺上運作。此外,64位AMD皓龍處理器在明顯的價格優勢之外,還具有高度的靈活性,它可運行 32 位和 64 位操作系統和應用程序,既保護了現有 IT 基礎架構上的投資環境,又使它們可輕松地移植到下一代 64 位計算環境,使投資的收益最大化。

  創新高科技成果的基礎

  自2006年3月起,這一項目開始在華東理工實施,計算節點上共用了116顆皓龍848 CPU、12顆皓龍875 CPU,在登錄、管理、存儲節點上運用了8個皓龍248 CPU。在整個計算平臺架構過程中,AMD皓龍處理器顯示了其良好的適應性,順利地完成了整個系統的建立。新計算平臺于2006年4月初完成,截至5月上旬,華東理工就在服務器上開展了大量的軟件調試工作。相關負責人員對新系統的反應速度較為滿意,認為基于64位AMD皓龍的曙光服務器在維護方面也更加便捷。而且,AMD皓龍在穩定性方面亦有不俗的表現,有力地支撐著高性能計算平臺的持續運行。

  華東理工建立的統一公共計算平臺,為材料科學、信息科學、數學、化學化工、生命科學、物理等多學科提供計算服務,不僅能降低各學科分別購置設備的資金成本與人力成本,提升計算效率,更能拓展科研項目范圍,為各學科之間的交流創造便利條件,豐富教學資源?;?4位AMD皓龍的計算平臺支持大數據量的處理需求,提升了教師對科研資源的滿意度,讓學生擁有了更多的實際操作機會。華東理工還將根據自身的需求進行計算平臺的擴充建設,為今后承擔更多的科研課題,創造更多高新技術成果奠定基礎。

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